Edhe pse u mbijetoi dy luftërave, Isa Lika u vra më 19 tetor të vitit 2006 në Tetovë në rrethana misterioze. Pesë vite më pas, dhe ende nuk është zbardhur vrasja e tij.
Veprën e madhe të Komandant Ilirit në luftën e Kosovës dhe të Maqedonisë, e vlerësuan lartë pjesëmarrësit e përkujtimit. U organizuan disa ngjarje për të shënuar përvjetorin e pestë të rënies së tij, që nga homazhet pranë varrezave të dëshmorëve në lagjen Teqe, me një ekspozitë me fotografi nga lufta dhe akademi përkujtimore mbajtur në Tetovë.
Kurora lulesh u vendosën nga të pranishëm të shumtë, qytetarë , ish-pjesëmarrës të UÇK-së, invalid të luftës e familjarë të dëshmorëve të vendit. Në përvjetor u tha se trimat si Isa Lika, ishin ata që ndryshuan historinë dhe çështjen shqiptare dhe i dhanë një kuptim të ri pas një robërimi të gjatë, për të mbetur njerëzit më të devotshëm të kombit duke sakrifikuar jetën e tyre për kauzën shqiptare dhe për lirinë. Familjarja e Isa Likës, Saranda tha se që nga vrasja e Isa Likës e deri më sot këtë familje e kanë përshkuar dy momente.
“Njëra anë është krenaria që e patëm komandant Ilirin dhe i dhamë kombit shumë kur ma së shumti i duhej ndërsa ana e dytë e kësaj periudhe është mos zbardhja e dorës vrastare,” ka thënë ajo. “Ne si familje edhe sot e kësaj dite kërkojmë që autorët e vrasjes të zbulohen”, shtoi Saranda Lika.
“Njëri nga ata që bënë historinë e viseve stërgjyshore iliro-dardane,me përkushtim disiplinë e synim të kthjelltë shqiptar, ishte juaji,yni e i popullit Isa Lika, komandant Iliri. Përpjekjes dhe luftës çlirimtare në mbarë viset shqiptare, në fund të shekullit që lamë pas dhe në fillim të shekullit të ri, iu bashkëngjitën bijtë dhe bijat më të mirë të popullit shqiptar”, ka thënë Fazli Veliu, Kryetar i Shoqatës së Veteranëve të UÇK-së.
Folën edhe Emrush Xhemaili e Fatmir Dehari, të cilët kërkuan që autorët e vrasjes së Isa Likës të zbulohen dhe të ndëshkohen. Pas homazheve tek varrezat, u mbajt edhe një ekspozitë fotografish në Qendrën për Kulturë në Tetovë si dhe një akademi përkujtimore, kushtuar Isa Likës.
“Kështu Isai e ndërtoi personalitetin e vet si bir i një familjeje atdhetare, si djalë i një të burgosuri politik dhe përbrenda i vlonte ndjenja që edhe ai sa më parë të bëhet pjesë e asaj plejade veprimtarësh e patriotësh për të cilët ushqente respektin më të madh,” ka thënë Rafiz Haliti, bashkëluftëtar i Isa Likës. Haliti përkujtoi pjesëmarrjen e Likës në luftën e Kosovës me të cilën Komandant Iliri nuk u ndal, por vazhdoi pak më vonë sakrificën në Maqedoni.