Ndërtimi i një kishe në Kalanë e Shkupit ishte shkak i tensionimit të marrëdhënieve ndëretnike në Maqedoni. Drejtoria për Mbrojtjen e trashëgimisë Kulturore, nën ingerencat e së cilës është edhe Kalaja e Shkupit dhe urdhër që kisha të ndërtohej natën, veprim ky që acaroi një pjesë të qytetarëve shqiptarë të cilët po natën e prishën pjesën e ndërtuar. Më pas pasoi edhe një incident tjetër, kur shoqatat shqiptare që kishin paralajmëruar pres konferencë në Kalanë e Shkupit u pritën nga një grup maqedonasish të pajisur me mjete të forta. Edhe pse në kala kishte një mori policësh, incidenti nuk u ndalua dot. Dy grupet u përleshën me gurë, ku pati edhe të lënduar. Më pas policia ngriti padi për 34 shqiptarë dhe 20 maqedonas, mes të paditurve ishin të gjithë kryetarët e shoqatave shqiptare, përfshirë këtu edhe Artan Grubin, kryetar i “Zgjohu”-t.
Katër muaj pas incidentit, Kalaja e Shkupit vazhdon të qëndrojë e mbyllur për turistët. Policia akoma bën roje në këtë objekt.